(1)精子有问题
最常见是精子数量少、精子活力不够、外形不正常或有抗体。
(2)无精子
当射出的精液中没有精子时，就称为无精子。原因可能是由于遗传异常没能产生精子;也可能是精子数太少，不够跑到射出来的终点;或是输精管切除术后，导致射出道路切断。
有的无精子，睾丸活检却是有精子。
(3)输精管或其他精子运输管道阻塞
输精管或其他导管阻塞的原因很多，如手术、输精管切除术，或因严重的外伤或感染造成阻塞，又或出生时的先天性阻塞。某些情况下可以通过手术恢复通畅，或者可以选择手术取精来进行试管婴儿助孕。
(4)性功能异常
有些男性不能正常射精，可能是因为患有糖尿病、脊髓受伤、服用某些药物或者存在心理障碍，导致射精困难。这类情况试管婴儿助孕是非常明智的选择，因为怀孕成功率很高。
(5)年龄
尽管男性年龄不会像女性那样因年龄明显地影响怀孕能力，但精子质量确实会随着年龄的增长而下降。高龄男性的后代也更容易患自闭症和其他心理健康问题，也可能导致学习障碍。如果男性超过45岁要孩子，则流产的风险会更高。
男性导致的怀孕困难，比较容易诊断，治疗方面可以选择第二代试管婴儿助孕。
